Une curieuse querelle qui dura plus d'un siècle opposa certains médecins, champions des vins de Beaune et d'autres, défenseurs des vins de Champagne. Entre 1652 et 1780, on s'affronta à coups de thèses. Sont en lice les Facultés de médecine de Reims et de Paris, car il n'y a pas d'université à Dijon. À vrai dire, on ne risque pas d'assommer l'adversaire avec un “travail de doctorat” (comme disent alors les Allemands) car une thèse médicale au début du XVIII^e, siècle est imprimée sur une affichette de 27 centimètres sur 32 ; elle aura une dizaine de pages du même format à la veille de la Révolution.

Ces thèses semblent d'ailleurs avoir parfois une finalité publicitaire liée à des aides financières, offertes par le négoce à des étudiants. On n'ose qualifier leurs démonstrations de scientifiques. Gilles Culloteau soutient en 1700 que « le vin de Reims est plus agréable et plus sain que celai de Bourgogne ». En 1739, Jean François déclare que le vin de Bourgogne donne la goutte. En 1781, Robert Kinguet affirme que « le vin de Reims est aussi agréable que salutaire ». En 1771, la Faculté de Paris reconnaît au vin de Champagne des propriétés diurétiques... On compare à l'époque ce qui est comparable car le vin de Champagne qui prétend rivaliser avec le bourgogne est en effet tranquille.

Cependant, en 1777, une thèse concerne le vin effervescent : le Dr Navier proclame qu'il peut guérir les fièvres putrides. Pour Reims, l'affaire était importante car la malaria sévissait autour des douves nauséabondes stagnant au pied des anciens remparts. Mais la quinine, découverte en 1820, fut sûrement plus efficace que le vin de Champagne.

Le vin blanc d'Épernay semble pourtant avoir été un bon remède lors d'une épidémie de grippe, en 1729. Un ami de Bertin du Rocheret, le Dr Falconnet, n'estimait-il pas que le vin blanc de Champagne, ayant pris suffisamment d'âge, était le plus propre à « perpétuer la santé de l'homme »...